플라스미드지도를 읽는 초보자 가이드

매우 자주 플라스미드지도,특히 오랫동안 잊혀진 박사 과정 학생이 손으로 그린 역사적인 것들은 퍼즐입니다. 이 화살표와 상자는 무엇입니까? 어디서부터 시작할까요? 걱정하지 마세요,우리는 플라스미드지도를 해독에 충돌 과정 소개가 있습니다.

관심 플라스미드에 익숙해지기

고전적인 플라스미드로 시작합시다. 그것은 성공적인 복제에 필요한 모든 기능을 가지고 있기 때문에 종종 파생 벡터의 백본으로 사용됩니다(그림 1). 지도 중심에서 보듯이 선형화된 플라스미드의 크기는 4361 염기쌍입니다. 당신이 어떤 플라스미드 작업을 시작하기 전에,그것은 광고 크기가 예상과 거의 동일하다는 것을 확인하기 위해 고유 한 제한 효소로 절단하여 선형화하는 것이 좋습니다.

그림 1. 2014 년 11 월 1 일 아바콥&위키미디어 공용

의 이미지 검은 색 화살표는 복제에 필수적인 전사 방향을 보여줍니다. 다른 유전자의 중간에 관심 유전자를 복제하는 경우,둘 다 같은 방향으로 전사되어 있는지 확인하십시오. 그렇지 않으면 네이티브 프로모터가 유전자 발현을 방해 할 수 있습니다.

“오리”는 무엇을 의미합니까?

유전자 서열 데이터베이스에서,이러한 엔트레즈-펍드,플라스미드 서열은 오리오리로부터 시작하는 선형 서열로서 도표화된다. “오리”는 플라스미드 복제의 기원을 의미합니다. 당신이 무엇을 하든지,그것을 바꾸지 마십시오! 일단 플라스미드가 복제 할 수 없으면 쓸모가 없습니다.

오리에 대해 기억해야 할 또 다른 점은 동일한 기원을 가진 플라스미드가 종종 양립 할 수 없다는 것이다. 즉,하나의 세포 내에서 서로 다른 항생제 내성에 대한 유전자가 있더라도 두 개의 세포 간 323 유래 벡터를 유지할 수 없다는 것을 의미합니다. 이 백본은 진핵 생물 벡터에서 사용되는 두 번째로 일반적인 백본입니다.

제한 사이트는 어디에서 찾을 수 있습니까?

상응하는 효소에 대한 제한 부위는 출발 뉴클레오티드의 위치를 갖는 수직선으로 도시된다. 사이트는 고유해야하지만,미분 벡터는 종종 추가 잊어 시퀀스를 포함로,확인 지불한다.

항생제 내성 유전자는 어떻습니까?항생제 내성 유전자에는 테트(테트라 사이클린 저항성)와 암피실린 저항성의 두 가지 유전자가 있습니다. 이러한 유전자는 유출 펌프(테트라 사이클린)및 베타-락타 마제(암페어)를 암호화하여 각각 세포에서 테트라 사이클린과 암피실린을 배설합니다. 구정 및 앰프는 서로 다른 방향으로 읽습니다.

효소 베타-락타 마제는 페니실린 유래 항생제를 해독하는 데 특이 적이 지 않다는 것을 명심하십시오. 따라서 복제의 기원이 다른 두 개의 플라스미드가 있다 하더라도,하나는 메티실린 저항성 유전자를 발현하고 다른 하나는 암피실린 저항성 유전자를 발현한다면,동시에 두 개의 플라스미드를 선택할 수 없을 것입니다.

제한효소 부위를 사용하여 관심 유전자를 플라스미드에 복제할 때는 항생제 내성 유전자에 속하는 부위를 주의 깊게 살펴야 한다. 예를 들어,암페어의 중간에서,그리고 바미는 테트르의 중간에서 절단합니다. 그리고 우리 모두가 알고 있듯이 유전자의 붕괴는 유전자 기능의 비활성화(이 경우 항생제 내성)로 이어질 것입니다.

복제는 어떻게 시작되고 중지됩니까?

유전자에 더하여,플라스미드는 종종 대장균 파지로부터 유도된 전사 촉진제 및 종결제를 포함한다. 파지 촉진제 6 과 티 7 종종 시험 관내 증폭에 사용됩니다. 그들은 파지 중합 효소를 필요로하므로 생체 내에서 비활성입니다.

아래는 이종 난 모세포 발현 벡터(그림 2)의 지도이다. 의 친숙한 pBR322 원산지와 항생제 내성 유전자 AmpR 및 CmR(클로람페니콜 저항성),도 있 SP6 및 lacUV 발기인 존재합니다. 종결자는 다중 복제 사이트 2 로 복제 된 유전자의 효율적인 종료를 허용한다(그림 2).

이 pTLNX 벡터 또한 유전자를 위한 플라스미드 선택(ccdB),바이러스와 함께 SV40 핵 현지화 신호 및 Xenopus globine3’에 있는을 위한 높은 표현의 수준에 복제 유전자가 있습니다.

소스 파악

수제 맵은 실험에 중요한”중요하지 않은”기능을 생략하기 때문에 신뢰할 수 없는 경우가 많습니다. 벡터 맵이 필요한 경우 애드진,엔트레즈 펍메드 및 관심 벡터를 판매하는 회사 사이트와 같은 알려진 맵 저장소를 사용하는 것이 좋습니다.

그림 2. 도식. 애드 진에서 이미지.

플라스미드 지도는 항상 진화하고있다,그래서 당신의 기여는 미래의 동료를 위해 남아있을 가능성이 높습니다. 지도에서 가능한 한 많은 세부 사항을 포함하십시오! 행복한지도 읽기 및 그리기.

출처:

1. (1986).1986. “플라스미드 벡터 및 그 특수 목적 유도체-검토”. 진 50 (1-3): 3–40. 도이:1016/0378-1119(86)90307-0.
2. 게르 츠마 에르,두츨러 알.(2011). 구조 생물학을위한 다양하고 효율적인 높은 처리량 복제 도구입니다. 50(15):3272-8. 전화:+86-21-8121-8121