Sodio # – lauroylsarcosine, o Sarkosyl, è un detergente che è strutturalmente correlato a SDS, tranne che Sarkosyl ha un legame di legame peptidico polare e rigido aggiuntivo all’interno della spina dorsale idrofobica (Fig. 1). Tale rigidità aggiunta all’N-estremità della catena idrofobica potrebbe portare a una diminuzione della sua capacità di essere inserita liberamente nei doppi strati e nelle proteine della membrana idrofobica. Questo potrebbe spiegare perché Sarkosyl è più mite di SDS nella sua capacità di denaturare e interrompere le strutture di membrana e proteine. A causa di una differenza simile nella struttura della catena laterale, i CHAPS detergenti dell’acido biliare sono resi più miti del cholato di sodio fortemente denaturante, che inattiva le proteine di membrana integrali, come il recettore della serotonina 1A (1). La natura relativamente mite di Sarkosyl è stata sfruttata almeno in alcuni casi. Esempi importanti includono la purificazione dei fattori di Escherichia coli RNA polimerasi sigma solubilizzando corpi di inclusione (2) e la solubilizzazione e purificazione della proteina scrapie, il prione PrPSc (3, 4). Sebbene il confronto delle caratteristiche strutturali di Sarkosyl con quelle di altri detergenti suggerisca che potrebbe essere efficace nella solubilizzazione delle proteine di membrana funzionalmente attive, l’uso principale di Sarkosyl è stato quello di isolare il DNA e l’RNA. La ragione principale di ciò è che Sarkosyl è altamente efficiente nel dissociare nucleosomi e ribosomi (5). Il detergente denatura anche acidi nucleici e inibisce alcuni enzimi, come desossiribonucleasi e ribonucleasi, che potrebbero degradare queste molecole.
Figura 1. La struttura di Sarkosyl.
