El primer sistema de clasificación para la para-natación se creó durante la década de 1940, en este momento, los nadadores se clasificaban en función de sus condiciones médicas. A finales de la década de 1960 y principios de la década de 1970, el sistema de clasificación se estableció como una serie de «desventajas». En un esfuerzo por describir claramente las discapacidades y promover la equidad, el número de clasificaciones se disparó. Esto dificultó la organización de eventos competitivos, ya que había muy pocas personas en cada clasificación; se dijo que los eventos internacionales para personas con discapacidad tenían tantos ganadores como competidores. En los Juegos Paralímpicos de Verano de 1988 en Seúl, el número de clases elegibles fue tan grande que se otorgaron 60 medallas de oro en un evento de natación.
Durante las décadas de 1960 y 1970, la clasificación implicaba ser examinado en posición supina en una mesa de examen, donde múltiples clasificadores médicos a menudo se paraban alrededor del jugador, empujaban y empujaban sus músculos con las manos y con alfileres. El sistema no tenía salvaguardas de privacidad incorporadas y los jugadores que se clasificaban no tenían garantizada la privacidad durante la clasificación médica ni con sus registros médicos.
Durante las décadas de 1960 y 1970, las trampas de la clasificación ISMGF ocurrieron tanto en natación como en baloncesto en silla de ruedas. Algunas de las clasificaciones médicas parecían arbitrarias, con personas de diferentes niveles funcionales que se colocaban en la misma clase. Esto hizo que los resultados de muchos juegos y carreras de natación parecieran ser completamente arbitrarios. Los deportistas afectados estaban empezando a exigir que se hicieran cambios para abordar este problema.
En 1974, los discapacitados del Estado alemán de Renania del Norte-Westfalia (BSNW) desarrollaron un sistema de clasificación de natación que permaneció en uso hasta 1982. Este sistema tenía siete clasificaciones. Había una clase CP para atletas con hemispasticidad que también competirían en la misma clase contra competidores que tenían un solo brazo por encima de los amputados de codo, tenían dismelia de doble brazo tipo ectromelia, tenían parálisis de un solo brazo o tenían una articulación fija del hombro. Había una clase de discapacidad intelectual llamada Clase J, y una Clase H para personas con discapacidades graves. Los eventos de clasificación BSNW incluyeron carreras de natación de 50 a 1500 metros. El sistema se amplió más tarde para incluir nueve clases antes de ser descontinuado. El sistema BSNW no obtuvo apoyo internacional, y solo se utilizó dentro de Alemania. Se descartó debido a la necesidad de tener atletas clasificados para competiciones internacionales.
En 1983, la clasificación para nadadores con parálisis cerebral se regía por CP-ISRA. Había cinco clasificaciones de parálisis cerebral. Los competidores de Clase 1 podían competir en el evento de estilo libre de 25 metros con dispositivos de flotación con o sin dispositivos de flotación. Los competidores de clase 2 podían competir en los mismos eventos, pero solo contra competidores de clase 2. Ese año, entre el 80% y el 85% de todos los competidores con parálisis cerebral compitieron en la misma clasificación en competiciones internacionales.
La clasificación para la natación se basó en un sistema de puntos para evaluar la gravedad de la discapacidad física sin tener en cuenta la funcionalidad del atleta específicamente, ya que se aplica a la capacidad de nadar en un accidente cerebrovascular en particular. Esto causó problemas porque ciertos tipos de discapacidad tenían un mayor impacto negativo en la natación que otros, y el sistema de puntos no abordaba directamente la capacidad funcional. Para abordar este problema, en 1990 se eliminó la consideración de puntos para los tipos de discapacidad que no afectaban el rendimiento. El IPC decidió reducir el número de clasificaciones y tratar de fijar la clasificación para que los competidores pudieran tener más certeza en qué clasificación competirían antes de asistir a un evento. Este fue un cambio importante, ya que anteriormente, los atletas se clasificaban inmediatamente antes e incluso durante un evento. Como resultado, el número de clasificaciones de natación cayó de 31 en Seúl en 1988 a 10 en los Juegos Paralímpicos de Verano de 1992 en Barcelona.
En los Juegos Paralímpicos de Verano de 1992, el Comité Internacional de Coordinación y el Comité Técnico del CIP presionan para avanzar hacia un sistema de clasificación funcional. Esto llegó a un punto crítico en la reunión de noviembre de 1989 del Comité Organizador de los Juegos Olímpicos de Barcelona (Comite Organitzador Olimpic Barcelona – COOB), cuando comenzó una discusión sobre qué eventos y clasificaciones deberían ser elegibles para los Juegos. Un estudio realizado por el comité organizador y la Universidad Politécnica de Cataluña en el período previo a la reunión analizó los resultados de las últimas competiciones internacionales. Propuso una serie de clases, basadas en los resultados competitivos, para su uso en Barcelona. COOB insistió en que se implementara un sistema de este tipo para garantizar que el deporte en los Juegos Paralímpicos fuera serio y competitivo, en lugar de recreativo. Las sugerencias se implementaron para deportes como la natación y el atletismo. Los Juegos fueron los primeros en los que nadadores de diferentes tipos de discapacidades compitieron entre sí, los nadadores tenían el derecho garantizado de apelar su clasificación.
El paso a la clasificación funcional coincidió con el auge de la ciencia del deporte. El primer proyecto detallado de ciencia deportiva de natación internacional se llevó a cabo en los Juegos Olímpicos de Verano de 1988 en Seúl. Esto fue seguido por un proyecto similar en los Juegos Paralímpicos de Verano de 1992 en Barcelona. Estos estudios proporcionaron una comprensión cada vez más detallada de los factores involucrados en la natación de alto rendimiento. A partir de entonces, la ciencia del deporte se convirtió en el motor tanto del rendimiento como de la clasificación.
Antes de los Juegos Paralímpicos de Verano de 2000 en Sydney, se hicieron cambios en la clasificación para la braza, reduciendo el número total de clasificaciones funcionales de diez que habían competido en Atlanta a nueve. Nadadores que habían sido clasificados como SB10 en los Juegos Paralímpicos de Verano de 1996 en Atlanta optaron por no competir en Sydney. Varios antiguos nadadores SB8 y SB9 se mudaron a una clase para competir, y llegaron a la final en sus clasificaciones. La aspiración olímpica del IPC de convertirse en una competición deportiva internacional de élite aún no se ha cumplido. En Sídney, se otorgaron 561 medallas de oro en 18 deportes, en comparación con 300 en 28 deportes en los Juegos Olímpicos de Verano de 2000.